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项目概况

本系统项目系对疾控中心原T4SS网站二次开发,在原网站系统文本和静态图形展示的基础上,新增了针对T4SS的blast在线分析、T4SS在线分析,实现T4SS基因组信息动态展示和交互等,优化了数据库更新方案。

运行环境

建议CPU 2.0GHz以上,内存2GB,储存空间:300GB;linux 服务器

程序组件

T4SS 生物信息分析相关工具程序
T4SS在线分析展示网站系统

设计方案

1 集成T4SS基因组浏览器

T4SS基因组信息动态展示采用由 北京华弈生物科技有限责任公司 针对T4SS独立开发的T4SS基因组浏览器实现,通过相关脚本在服务器后台对T4SS分析结果中的基因组数据提取和整合, 生成用于实现可视化的json数据,并由前台脚本genomebrowserd.js进行处理,在浏览器页面绘制基因组图形和表格,并响应用户操作。

2 在线分析

在线执行则由服务器响应用户请求,调用相关程序,并将生成的结果反馈给用户。
在线blast分析: 设置执行设置参数以HTML输出,然后将结果html插入结果页面模版,展示给用户。
在线T4SP分析: 调用T4SP分析程序,执行结果放到指定目录(每次都不同)执行过程中页面自动刷新获取任务状态,执行完成后,通过邮件发送完成信息(包含打开分析结果的链接,若提交了邮件地址),页面跳转的完成页面(提供打开结果的链接),点击链接后,服务器根据链接信息,调用数据提取脚本,生成可视化json数据,在页面有基因组浏览器处理。

3 在库数据的展示

在数据库中新增表,用来存放可视化数据,通过基因组的id获取可视化json数据,在页面有基因组浏览器处理。

4 数据库更新方案

采用离线生成sql文件,然后导入sql的方式更新,采用python脚本对原始数据进行解析,筛选,处理,生成新的sql文件,将所有需要更新的sql准备好之后,通过执行updage.sh 批量导入到数据库中。大大简化了原数据库的更新方式,采用通过哈希表在内存筛选处理数据的方式,执行效率上比原有的 sql方式筛选和跟新数据库有质的提高,同时操作也得以简化。